Die Alemannia wurde am 18. Juli 1844 von 21 Studenten als Burschenschaft mit den Farben schwarz-rot-gold und dem Wahlspruch Gott, Ehre, Freiheit, Vaterland gegründet. Die Gründer, weitgehend Rheinländer, entstammten der Burschenschaft Fridericia (gegründet am 18. Februar 1843), von der sie sich wegen unüberbrückbarer Meinungsunterschiede getrennt. Von der Fridericia übernahmen sie den Wahlspruch, die Grundsätze (Sittlichkeit, Wissenschaftlichkeit, Vaterlandsliebe), die Satzung und die Farben; nur die Mützenfarbe wurde von schwarz in weinrot geändert.
Die Wurzel der Alemannia als ältester noch bestehender Bonner Burschenschaft führen auf die alte „Bonner Burschenschaft“ zurück, die sich 1818 an der gerade errichteten Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität unter dem noch frischen Eindruck des Freiheitskrieges (bis 1815) und des Wartburgfestes (18. Oktober 1817) konstituierte. Ursprünglich als „Lesegesellschaft“ von Studenten, die Mitglieder einer Burschenschaft an anderen Universitäten waren, gegründet verstand sie sich ab 1819 selbst als burschenschaftliche „Allgemeinheit“, d.h. als Vertretung aller Bonner Studenten. Der Allgemeinheit gehörten so prominente Burschenschafter wie Heinrich Heine und Hoffmann von Fallersleben an. Die Allgemeinheit musste sich letztlich am 7. Juni 1820 wegen des Verbots von Burschenschaften in Folge der Karlsbader Beschlüsse auflösen.
Die Fridericia war der nachhaltige burschenschaftliche Neubeginn in Bonn nach den Jahren der Demagogenverfolgung (seit den 1820er-Jahren). Die Alemannia betrachtet sich als legitime Nachfolgerin und geistige Erbin der Fridericia; aus diesem Grund feiert sie jedes Jahr im Februar zur Erinnerung an deren Gründung den „Friderizianerkommers“.
Während die Mutterburschenschaft 1847 sich für immer auflöste, konnte die Alemannia auf eine ständig wachsende Zahl von Mitgliedern verweisen. Nach ihrer Progress-Zeit (in der 2. Hälfte der 1840er Jahre; der Progress forderte die Gleichberechtigung aller Studenten mit den Bürgern) fand die Alemannia als arministisch ausgerichtete Burschenschaft zeitweilig Anschluss an das „Rote Kartell“ bestehend aus der Burschenschaft der Bubenreuther in Erlangen und der Burschenschaft Arminia auf dem Burgkeller zu Jena. Mit diesen sowie der Marburger Burschenschaft Arminia, der Burschenschaft Brunsviga Göttingen und der Burschenschaft der Pflüger zu Halle (heute Münster) gründete sie 1890 den „Roten Verband“ (RV).
1881 gehörte die Alemannia auch zu den Gründungsmitgliedern des Eisenacher DC, dem Vorläufer der Deutschen Burschenschaft (DB). Im Kaiserreich suchte die Alemannia einer um sich greifenden Veräußerlichung des Studentenlebens, von der auch die Burschenschaften nicht unberührt blieben, entgegenzuwirken.
Mit Hilfe von Alten Herren konnte sie das ursprünglich vor den Toren Bonns am Rhein gelegene Verkehrslokal „Schänzchen“ 1884 erwerben und 1904 das heutige Verbindungshaus zum 60. Stiftungsfest feierlich einweihen. Im selben Jahr wurde auch der „Verein alter Bonner Alemannen e.V.“ (VaBA) als Zusammenschluss der Alten Herren gegründet.
1895 traten die Alemannen durch die Organisation der Huldigungsfahrt der deutschen Studentenschaft anlässlich des 80. Geburtstages von Otto von Bismarck (mehr als 5000 Teilnehmer) nach Friedrichsruh hervor. Der organisierende Bismarckausschuss wurde nach dem Tod des „Eisernen Kanzlers“ 1898 wiederbelebt und initiierte – wieder unter maßgeblicher Beteiligung der Alemannen – die Bismarcksäulenbewegung. In der Zeit vor dem ersten Weltkrieg öffnete sich die Alemannia der Jugendbewegung. Der Einfluss des Wandervogels blieb bis in die Zeit zwischen den beiden Weltkriegen wirksam.
Der erste Weltkrieg führte zur Einschränkung des Aktivenbetriebes. 54 Alemannen verloren ihr Leben. Die Kriegsheimkehrer fanden das „Schänzchen“ von den Siegern besetzt vor. Außerdem war ihnen und den Studenten aus dem übrigen Reichsgebiet durch die französische Besatzungsmacht das Studium in Bonn verwehrt, so dass sich die Bonner Alemannen entschlossen, eine Filiale in Münster zu gründen. Diese erlangte 1919 als Burschenschaft Alemannia zu Münster ihre Selbständigkeit und bestand bis zu ihrer erzwungenen Auflösung 1935.
Für die Bonner Alemannen war die zweite Hälfte der 1920er Jahre von den Mitgliederzahlen her eine Blütezeit, wenn auch bereits geprägt vom aufkommenden Nationalsozialismus. Dem Zeitgeist entsprechend wurden Grenzlandfahrten und die Teilnahme der Bundesbrüder an Wehrlagern organisiert. Trotz Sympathie vor allem jüngerer Alemannen mit den politischen Verhältnissen seit 1933 blieb auch der Alemannia das Schicksal der Selbstauflösung nicht erspart (15. Februar 1936). 1934 war sie bereits – zusammen mit den Bubenreuthern und den Bonner Franken – aus der DB ausgeschlossen worden, weil die Alemannen sich geweigert hatten, sich von ihren jüdischen oder „jüdisch versippten“ Bundesbrüdern zu trennen.
Ab dem 1 Mai 1938 diente das „Schänzchen“ der NS-Kameradschaft „Bismarck“ als Domizil. Ein kleiner Teil ihrer Mitglieder führte, mehr oder weniger heimlich, die Tradition der Alemannia bis zum Ende des Kriegs fort, aus dem 83 Alemannen nicht zurückkehrten. Im Gegensatz zu anderen Verbindungen gelang es den Alemannen nicht, die ganze Kameradschaft in ihrem Sinne zu beeinflussen; nur eine geringe Zahl der Kameraden trat später dem VaBA bei. Der Verein alter Bonner Alemannen bewahrte jedoch das Erbe der Alemannia und widerstand dem Ansinnen des NS-Altherrenbundes, das Verbindungshaus diesem zu übereignen.
Einem Neubeginn standen große Schwierigkeiten entgegen. Das Verbindungshaus war schwer beschädigt, das Inventar geplündert, das unersetzliche Archiv als „Altpapier gesammelt“ und sowohl die Besatzungsbehörden als auch die damaligen akademischen Instanzen betrachteten studentische Verbindungen als nicht würdig, am Wiederaufbau teilzunehmen. Unter dem Tarnnamen „Freundschaftsbund Ernst Moritz Arndt“ fanden sich dennoch im Sommersemester 1948 wieder Studenten auf dem Hause ein, die die Tradition der Alemannia aufnehmen und die Erinnerung an diesen verehrten Dichter der Freiheitskriege und Förderer der frühen Bonner Burschenschaft pflegen wollten. Seit 1950 besteht die Burschenschaft wieder unter ihrem alten Namen. Der VaBA vereinigt seit 1949 die Alten Herren von Alemannia Bonn und Münster.
Die erneute Blütezeit der 1950er Jahre führte bereits nach dem Vorsitzjahr in der Deutschen Burschenschaft 1959/60 aufgrund der allgemeinen gesellschaftliche Entwicklung („68er“) zu Diskussionen im Bund über das Pflichtschlagen (seit 1969 ist die Alemannia fakultativ schlagend) und die Aufnahme von Kriegsdienstverweigerern zu starkem Mitgliederschwund. Die Negativentwicklung gipfelte in der Trennung der Altherrenschaft von der Aktivitas 1979. Mit drei Aktiven wurde der umgehende Neuanfang gewagt, der vor dem Hintergrund der folgenden Entwicklung der Mitgliederzahlen als erfolgreich angesehen werden kann. Heute zählt die Aktivitas 27, die Altherrenschaft 160 Mitglieder.
Nachdem das Engagement in der Deutschen Burschenschaft zu keinen positiven Veränderungen im arministischen Sinne geführt hatte, verließen die Alemannen zum 31.12.1995 die Deutsche Burschenschaft (DB). Nach einer dachverbandslosen Zeit wurden sie 1998 in die Neue Deutschen Burschenschaft (NeueDB) aufgenommen, aus der sie zum 31.12.2018 wieder ausgetreten sind. Alemannia ist nunmehr dachverbandsfrei und engagiert sich verstärkt im „Roten Verband“.
Die Geschichte der Alemannia, bis 1925 von ihrem Mitglied Prof. Otto Oppermann in einem zweibändigen Werk festgehalten („Die Burschenschaft Alemannia zu Bonn und ihre Vorläufer“), spiegelt nun schon 175 Jahre deutscher und Bonner Geschichte wider.
(Stand 5/2019)